基因表達網路

㈠ 如何利用基因表達譜數據重構網路

基因表達譜抄(gene expression profile)：指通過構建處於某一特定狀態下的細胞或組織的非偏性cDNA文庫，大規模cDNA測序,收集cDNA序列片段、定性、定量分析其mRNA群體組成，從而描繪該特定細胞或組織在特定狀態下的基因表達種類和豐度信息，這樣編製成的數據表就稱為基因表達譜。最大的區別是：晶元上的探針都是固定已知的。只是用不同樣本的RNA雜交然後比較差異的表達譜，晶元跟測序是兩個概念，原理就是雜交。 DGE測序可以得到某一狀態下的所有轉錄本的表達譜，比晶元覆蓋的范圍要大。

㈡ 什麼叫做基因共表達網路

基因表達譜分析來所採用的常用方法自是聚類，其目的就是將基因分組。從數學的角度，聚類得到的基因分組，一般是組內各成員在數學特徵上彼此相似，但與其它組中的成員不同。從生物學的角度，聚類分析方法所隱含的生物學意義或基本假設是，組內基因的表達譜相似，它們可能有相似的功能。然而，產物有相同功能的編碼基因（例如對其它蛋白質有磷酸化作用），不一定共享相似的轉錄模式。相反，有不同功能的基因可能因為巧合或隨機擾動而有相似的表達譜。盡管有許多意外的情況存在，大量功能相關的基因的確在相關的一組條件下有非常相似的表達譜，特別是被共同的轉錄因子共調控的基因，或者產物構成同一個蛋白復合體，或者參與相同的調控路徑。因此，在具體的應用中，可以根據對相似表達譜的基因進行聚類，從而指派未知基因的功能。

㈢ 如何根據差異表達基因建立互作網路圖

基因互作是指非等位基因之間通過相互作用影響同一性狀表現的現象。廣義上，基因互作可分為基因內互作和基因間互作。基因內互作是指等位基因間的顯隱性作用。基因間互作是指不同位點非等位基因之間的相互作用，表現為互補，抑制，上位性等。
基因互作：雞冠的形狀很多，除常見的單冠外，還有胡桃冠、玫瑰冠和豌豆冠等
互補效應：子一代自交，子二代中應該9/16C_P_，3/16C_pp，3/16ccP_，1/16ccpp，由於顯性基因C與顯性基因P間的互補作用，只有9/16 C_P_在表型上是紅花，其餘的7/16都是白
積加作用：是指兩種顯性基因同時存在時產生一種性狀，單獨存在 時，分別表現相似的性狀。
例如，南瓜有不同的果形，圓球形對扁盤形為隱性，長圓形對圓球形為隱性。如果用兩種不同基因型的圓球形品種雜交，F1產生扁盤形， F2出現三種果形：9/16扁盤形，6/16圓球形，1/16長圓形花，在這里C與P是互補基因
重疊作用：是指不同對基因互作時，對表現型產生相同的影響，F2 產生15∶1的比例。這類表現相同作用的基因，稱為重疊基因。
例：將薺菜三角形蒴果與卵圓形蒴果植株雜交，F1全是三角形蒴果。 F2分離為 15/16三角形蒴果∶1/16卵形蒴果

㈣ WGCNA權重基因共表達網路分析需要什麼樣的數據

WGCNA（Weighted Correlation Network analysis）是一個來基於基因表達自網路權重構建，描述基因表達的關聯模式的R包。一般來說需要兩個文件，多個樣本的基因表達量（fpkm矩陣），可以根據表達量可以計算相關性，還有一個就是所謂的權重，簡單的解釋就是這些樣本中的一些性狀或者條件，比如重量、高度、應激條件等等，最後的分析相當於把基因表達與條件結合起來分析兩者之間的關聯性或相關性。

㈤ 用什麼軟體來分析基因表達數據，構建基因網路

找到的都是抑制的 不過是預測的 需要做Luciferase real-time western分別從不同水平驗證

㈥ WGCNA權重基因共表達網路分析需要什麼樣的數據

一般是高通量的rna表達數據，大致分為晶元表達譜和測序數據。晶元一般是專affy和illumina的比較多；測屬序的話現在hiqseq2000或者2500；構建網路需要表達置矩陣，然後經過scale free參數選擇，構建一個賦權的網路。

㈦ 轉錄組共表達網路圖用什麼值，用k值可以嗎

基因表達譜分析所採用的常用方法是聚類,其目的就是將基因分組.從數學的角度,聚類得到的基回因分組答,一般是組內各成員在數學特徵上彼此相似,但與其它組中的成員不同.從生物學的角度,聚類分析方法所隱含的生物學意義或基本假設是,組內基因的表達譜相似,它們可能有相似的功能.然而,產物有相同功能的編碼基因（例如對其它蛋白質有磷酸化作用）,不一定共享相似的轉錄模式.相反,有不同功能的基因可能因為巧合或隨機擾動而有相似的表達譜.盡管有許多意外的情況存在,大量功能相關的基因的確在相關的一組條件下有非常相似的表達譜,特別是被共同的轉錄因子共調控的基因,或者產物構成同一個蛋白復合體,或者參與相同的調控路徑.因此,在具體的應用中,可以根據對相似表達譜的基因進行聚類,從而指派未知基因的功能.

㈧ 怎樣理解基因表達是一個完整復雜的網路調控過程

基因調控是現代分子生物學研究的中心課題之一。因為要了解動植物生長發育規律回。形態結構特答征及生物學功能，就必須搞清楚基因表達調控的時間和空間概念，掌握了基因調控機制，就等於掌握了一把揭示生物學奧秘的鑰匙。基因表達調控主要表現在以下幾個方面：①轉錄水平上的調控；②mRNA加工、成熟水平上的調控；③翻譯水平上的調控；
基因表達調控的指揮系統有很多種，不同生物使用不同的信號來指揮基因調控。原核生物和真核生物之間存在著相當大差異。原核生物中，營養狀況、環境因素對基因表達起著十分重要的作用；而真核生物尤其是高等真核生物中，激素水平、發育階段等是基因表達調控的主要手段，營養和環境因素的影響則為次要因素。

㈨ 基因網路與蛋白質相互作用網路有什麼區別

基因調控網路(gene regulatory network)，簡稱調控網路(regulatory network)是一個抽象概念，指細胞內（或特定一個基因組內）基因和基因之間的相互作用關系所形成的網路。在眾多相互作用關系之中，又特指基於基因調控(gene regulation)所導致的基因間作用。

http://ke..com/view/2481360.htm

蛋白質相互作用網路是強調蛋白質間的互作，不包括基因的調控（一個基因的產物誘導另一個基因的表達）

㈩ 如何從原始數據構建cytoscape基因共表達網路

Cytoscape可以本地安裝，也可以web start。軟體得用java，所以要裝JRE。我在Ubuntu下裝了OpenJDK，可以運行。因版為以前一直沒把jnlp文件和權java關聯起來，所 以從沒成功web start過，試了一下「課文」里給出的鏈接，似乎不太靠譜，總之是沒法啟動。

啟動Cytoscape後，得下載兩個樣例文件。以sif為後綴名的是蛋白相互作用網路信息，裡面的蛋白以數字形式區別，以na為後綴名的是各數字id的注釋，似乎兩者的文件名必須相同才能關聯起來。