代謝組學網路分析

1. 代謝物少，樣本多，可以做代謝組學的多元統計分析嗎

有機相的比例對於兩相分離非常重要。成功的代謝物組學研究依賴於有效的代謝回物提取，並去除無需答分析的蛋白質等成分，因此代謝組學可用於發現和鑒定生物標志物，調整水相/。結果表明。本應用報告介紹了採用液液萃取提取紅細胞代謝物的方法，或更好地了解物或疾病對已知和未知生物通路的影響。再加上代謝物的理化性質多樣。這些因素會顯著影響提取的代謝物數量和實驗的重現性。對於非靶向代謝組學研究。液液萃取中有機溶劑和水溶液的性質、水溶液的pH 值都必須仔細考慮、體積、溶劑比例。液液萃取這種兩相分離方法常被用於代謝物的提取，更進一步增加了提取的難度，需要提取細胞和體液中的多種代謝物，豐度動輒相差若干數量級。代謝物在生物系統中起著至關重要的作用代謝組學的代謝通路富集分析和MYROLE該怎麼用代謝組學是對一系列相似的生物樣本中的代謝物進行比較分析的學科，需要採用多個pH 值進行提取。同時水相pH 值對提取的代謝物數量也有很大影響，為了提取盡可能多的代謝物

2. 怎麼用ipa軟體進行代謝組學的分析

IPA(Ingenuity Pathway Analysis)，是基於雲計算的一體化生物通路分析軟體。其在高度結構化的生物信息平台Ingenuity Knowledge Base支持下，一專方面可以屬搜索基因、蛋白、葯物等的各類相關信息，並構建相互作用模型；另一方面還可以分析來源於基因組、micro-RNA、SNP、晶元、代謝組、蛋白組等的實驗數據。
近年來，隨著IPA軟體的發展和完善，已經廣泛地被生命科學研究學界接受，並且目前使用IPA處理數據發表的論文高達上萬篇，如在疾病發病機理、癌症等方面。

3. 闡述代謝組學研究中對代謝物進行分離分析的常用技術有哪些

闡述代謝組學研究中對代謝物進行分離分析的常用技術有哪些
代謝組學的研究方法與蛋白質組學的方法類似，通常有兩種方法。一種方法稱作代謝物指紋分析 （metabolomic fingerprinting），採用液相色譜-質譜聯用（LC-MS）的方法，比較不同血樣中各自的代謝產物以確定其中所有的代謝產物。從本質上來說，代謝指紋分析涉及比較不同個體中代謝產物的質譜峰，最終了解不同化合物的結構，建立一套完備的識別這些不同化合物特徵的分析方法。另一種方法是代謝輪廓分析（metabolomic profiling）,研究人員假定了一條特定的代謝途徑，並對此進行更深入的研究。
對於代謝產物來說，不僅只有質譜峰這個特徵。更進一步說，質譜（MS）並不能檢測出所有的代謝產物，並不是因為質譜的靈敏度不夠，而是由於質譜只能檢測離子化的物質，但有些代謝產物在質譜儀中不能被離子化。採用核磁共振（NMR）的方法，可以彌補色譜的不足。劍橋大學的Jules Griffin博士，正在使用質譜與核磁共振結合的方法，試圖建立機體中的完整代謝途徑圖譜。Griffin用核磁共振檢測高豐度的代謝產物，由於核磁共振檢測的靈敏度不高，所以只用於分析低豐度代謝產物。

4. 為什麼代謝組學分析代謝物的分子量要小於1000

為什麼代謝組學分析代謝物的分子量要小於1000
代謝組學是對一系列相似的生版物樣本中的代謝物權進行比較分析的學科.代謝物在生物系統中起著至關重要的作用,因此代謝組學可用於發現和鑒定生物標志物,或更好地了解葯物或疾病對已知和未知生物通路的影響.成功的代謝物組學研究依賴於有效的代謝物提取.對於非靶向代謝組學研究,需要提取細胞和體液中的多種代謝物,並去除無需分析的蛋白質等成分.再加上代謝物的理化性質多樣,豐度動輒相差若干數量級,更進一步增加了提取的難度.液液萃取這種兩相分離方法常被用於代謝物的提取.液液萃取中有機溶劑和水溶液的性質、體積、溶劑比例、水溶液的pH 值都必須仔細考慮.這些因素會顯著影響提取的代謝物數量和實驗的重現性.本應用報告介紹了採用液液萃取提取紅細胞代謝物的方法.結果表明,調整水相/有機相的比例對於兩相分離非常重要.同時水相pH 值對提取的代謝物數量也有很大影響,為了提取盡可能多的代謝物,需要採用多個pH 值進行提取.

5. 如何分析代謝組學的數據

SPSS、SAS及SIMICA-P

6. 簡述代謝組學的概念、研究技術和應用。

代謝組學是上世紀九十年代中期發展起來的一門新興學科，是系統生物學的重要組成部分。它是關於生物體系內源代謝物質種類、數量及其變化規律的科學，研究生物整體、系統或器官的內源性代謝物質及其所受內在或外在因素的影響。

代謝組學利用高通量、高靈敏度與高精確度的現代分析技術，對細胞、有機體分泌出來的體液中的代謝物的整體組成進行動態跟蹤分析，藉助多變數統計分析方法，來辯識和解析被研究對象的生理、病理狀態及其與環境因子、基因組成等的關系。「代謝組學」是一種整體性的研究策略，其研究策略有點類似於通過分析發動機的尾氣成分，來研究發動機的運行規律和故障診斷等的「反向工程學」的技術思路。由於代謝組學著眼於把研究對象作為一個整體來觀察和分析，也被稱為「整體的系統生物學」。

通過現代超高效液相色譜/高分辨質譜聯用儀等技術分析體液中的代謝物組成譜，並利用多變數統計分析技術，把所有代謝物的組成信息都整合到一起，為在系統和整體的層面上比較和分析生物的代謝特性開辟了新的技術路線，具有廣闊的發展前景。近幾年來，已經有越來越多的學者將現代代謝組學技術運用到人體和動物的整體代謝與功能性研究中。

代謝組學創始人、英國帝國理工大學Jeremy Nicholson教授認為人體應該作為一個完整的系統來研究，應用代謝組學來理解疾病過程，與中醫的整體觀和辨「證」論治思維方式不謀而合。代謝組學和中醫中葯的哲學觀相吻合，代謝組學是研究中葯最好的選擇。研究中葯這種復雜混合物的毒性，代謝組學是最好的方法，選擇不同產地、不同數量、不同組分的中葯，做出代謝組圖，根據組成變化與毒性、葯效相對應，就可把有效的成分最大化，把有毒的東西剔除。同樣，代謝組學也是中葯質量控制的主要研究手段，有利於中葯的出口和國際化。

代謝組學與有著幾千年歷史的中醫學在許多方面有相近的屬性，它們的有機結合將可能有力地推動中醫葯理論的現代化進程。代謝組學」可能成為我國傳統醫學走向國際化的通用語言。上海系統生物醫學研究中心與上海中醫葯大學合作，在用代謝組學研究中醫腎陽虛證的分子機理、中葯腎毒性的預測以及支持中葯在國際市場的登記注冊等方面已經取得很好成效，顯示了代謝組學與中國傳統中醫葯結合的強大生命力。

代謝組學是從整體上研究復雜生命現象的新興學科。研究代謝組學的關鍵是要發展大規模、並行化測定復雜混合體系中代謝物組成信息和對大量數據進行分析和建模的能力。技術手段的發展是代謝組學發展的關鍵因素。上海系統生物醫學研究中心依託上海交通大學強大的工程學和理學研究力量，結合深厚豐富的臨床和基礎醫學研究經驗，致力於代謝組學研究具有相當的優勢。

美國Waters公司是全球分析儀器領域的先導者，在復雜體系分析領域獨樹一幟，具有領先的分析平台, 配套的計算軟體和雄厚的技術儲備。學科的發展催生學科研究工具的產生，近年來，他們根據代謝組學發展的要求，與代謝組學創始人Jeremy Nicholson教授合作，首創全球領先的超高效液相色譜UPLC技術，與高分辨質譜技術和計算技術結合，推出了以超高效液相色譜/高分辨質譜聯用儀UPLC-QTOF為代表的代謝組學分析系統，一次可以從尿液樣品中快速獲取2萬多個數據點，為從整體上深入把握人體的生理代謝狀況，細致入微地刻畫和反映人體的疾病過程，提供了先進可行的工具。

為了加快代謝組學的發展，特別是推動我國傳統醫葯國際化的進程，上海系統生物醫學研究中心和美國Waters公司決定成立國際一流的代謝組學聯合實驗室，並於2006年6月23日在上海交通大學舉行了正式的簽約儀式，雙方承諾共同努力將此實驗室建設成為我國發展代謝組學的研究基地，人員培訓基地和生物醫葯新用途開發基地。聯合實驗室將邀請代謝組學創始人、英國帝國理工大學Jeremy Nicholson教授擔任顧問，計劃每年定期在上海舉行代謝組學高級研修班，這將極大的促進我國代謝組學的研究進展和增強及時跟蹤國際前沿研究動向的能力,對於推動我國生物醫葯事業的發展具有十分重要的意義。

7. 緊急求助，代謝組學的代謝通路富集分析和MYROLE該怎麼用

代謝組學的代謝通路富集分析和MYROLE該怎麼用
代謝組學是對一系列相似的生物樣本中的代謝物進版行比較分析的學科。權代謝物在生物系統中起著至關重要的作用，因此代謝組學可用於發現和鑒定生物標志物，或更好地了解葯物或疾病對已知和未知生物通路的影響。成功的代謝物組學研究依賴於有效的代謝物提取。對於非靶向代謝組學研究，需要提取細胞和體液中的多種代謝物，並去除無需分析的蛋白質等成分。再加上代謝物的理化性質多樣，豐度動輒相差若干數量級，更進一步增加了提取的難度。液液萃取這種兩相分離方法常被用於代謝物的提取。液液萃取中有機溶劑和水溶液的性質、體積、溶劑比例、水溶液的pH 值都必須仔細考慮。這些因素會顯著影響提取的代謝物數量和實驗的重現性。本應用報告介紹了採用液液萃取提取紅細胞代謝物的方法。結果表明，調整水相/有機相的比例對於兩相分離非常重要。同時水相pH 值對提取的代謝物數量也有很大影響，為了提取盡可能多的代謝物，需要採用多個pH 值進行提取。