蛋白互作網路

A. 蛋白質相互作用生物網路的屬性有哪些，這些屬性都具有哪些作用

網路屬性一般都抄是說他的襲拓撲屬性吧，比如度，介數，最短路徑這些。度就是這個節點與其他節點的連接數，連接數越多度越大，在生物網路中度越大的蛋白質一般都是由必須基因編碼來的，一旦失調可能引起機體不可彌補的損傷，生物網路的度分布一般服從冪律分布。介數分為點結束和邊的介數，都是在最短路徑的基礎上定義的，指的是通過該點或者該邊的最短路徑必上網絡中所有最短路徑之和，反應的是網路的瓶頸。最短路徑就是指任意兩個點之間通過最少多少步可以到達，生物網路一般3布左右就能鏈接任意兩個節點，具有小世界特性。其他還有很多屬性比如中心性啊，聚類系數啊，你自己再去搜搜吧，很多的，有一款軟體叫cytoscape可以直接分析網路的這些拓撲屬性。

B. 處理RNA-seq數據和蛋白質網路互作的數據（數據比較大幾百MB甚至幾GB十幾GB）需要什麼配置電腦,台式。

其實最好用小來型或者中型電腦會自比較合適。。。

或者你買伺服器的那種。。有種FOR這種計算用的類似顯卡的東西，插個8張。。現在好多公司都在用類似的電腦。。。不過具體名字叫什麼忘了。。

不過如果要用GPU運算的話。。。程序本身就得是運用了CUDA或者相關GPU編程技術的軟體才能。。。

一般用GPU計算能力比CPU（浮點）要強。。。最好再配個SSD。。。

不過。。這也只能是微機的最大極限。。。畢竟這種大量運算工作的。。最好用中型或者大型電腦。。

C. string怎樣做蛋白互作網路分析

簡單說就是用抗體去ip(免疫沉澱)你的蛋白，然後從沉澱中分理出dna拿去測序。這樣就知道蛋白和哪一段dna作用了。 具體的，要看你做什麼了，染色體結構，轉路因子，還是rna，都可以。

D. 蛋白相互作用網路怎麼畫

蛋白質相互作用資料庫見下表所示： 資料庫名 BIND DIP IntAct InterDom MINT STRING HPRD HPID MPPI 蛋白質相互作用的預測方法很非專常多，以下作了屬簡單的介紹 1) 系統發生譜 這個方法基於如下假定：功能相關的(functionally related)基因，在一組。

E. 蛋白質相互作用網路特性怎樣

蛋白質-蛋白質相互作用與識別機理的研究
http://www.bjpu.e.cn/college/bmec/chinese/school_research/lab/Protintactorreg_Ch.htm

蛋白質間相互作用 (PPI) 的研究領域快速成長，並且一般預料該市場至2010年前將會突破500億美金的市場規模。
專門從事醫葯及生物科技領域內市場調查的美國市調公司 Drug & Market Development Publications（總公司: 麻州），詳盡地調查與分析以蛋白質間相互作用為目標的葯劑開發，並出版調查報告書「Protein-Protein Interactions as Drug Targets: Focusing on Cell Circuitry」。

此報告書在下面的內容里，不僅說明以蛋白質間相互作用為目標的葯劑開發市場概要與展望，也探討技術與應用方式、專家意見、企業檔案等。

第1章 摘要
第2章 蛋白質間相互作用的概要
第3章 蛋白質間相互作用的細胞活動
癌細胞的蛋白質間相互作用
胰島素通路的蛋白質間相互作用
第4章 PPI的目標：市場展望與分析
基於蛋白質間相互作用的治療法的市場分化
PPI的目標：機會與課題
面對的課題
Peptides與Peptomimetic Molecules
當作PPI阻礙劑的Peptides例
PPI的主要例
胰島素信號傳導通路的蛋白質間相互作用
第5章 PPI阻礙葯開發的科學餘力
Fragment Based Discovery Approach(FBDA)
Tethering的方法論
IL-2受器的競爭拮抗葯
B7/CD28的競爭拮抗葯
神經成長因素的異構基阻礙劑
第6章 PPI的研究技術
酵母Two-Hybrid法
有效率的蛋白質間相互作用的檢測
酵母Two-Hybrid法的應用方式
PPI研究的生物情報學工具
PPI研究上所使用的系統
資料庫與工具
針對PPI的網頁導覽
第7章 專家意見
第8章 企業檔案
第9章 附錄

http://www.giichinese.com.cn/chinese/dm26436_protein.html

F. 如何用cytoscape做蛋白互作網路步驟

就是一個txt文件就可以，一共三列，第一列和第三列是互作的點，回第二列是互作的方式，如果答只有一種互作方式可以不要第二列，如果想標出不同種類的點再導入點屬性文件，兩列，第一列是點，第二列是點的類別，一般用1,2,3表示，只想畫圖的話不需要插件，如果要做分析可以下相應的插件

G. 基因網路與蛋白質相互作用網路有什麼區別

基因調控網路(gene regulatory network)，簡稱調控網路(regulatory network)是一個抽象概念，指細胞內（或特定一個基因組內）基因和基因之間的相互作用關系所形成的網路。在眾多相互作用關系之中，又特指基於基因調控(gene regulation)所導致的基因間作用。

http://ke..com/view/2481360.htm

蛋白質相互作用網路是強調蛋白質間的互作，不包括基因的調控（一個基因的產物誘導另一個基因的表達）

H. 超過4000個基因如何做蛋白質相互作用網路

蛋白質是氨基酸脫水縮合的產物，DNA是氨基+五碳糖+高能磷酸鍵復合結構的聚合
DNA是遺傳物質，蛋白質在生物體中起多種作用

I. 研究蛋白質之間相互作用的實驗方法有哪些

白質與蛋白質之間相互作用構成了細胞生化反應網路的一個主要組成部分，蛋白-蛋白互作網路與轉錄調控網路對調控細胞及其信號有重要意義。把原來spaces空間上的一篇蛋白質與蛋白質間相互作用研究方法轉來，算是實驗技巧分類目錄的首篇。

一、酵母雙雜交系統
酵母雙雜交系統是當前廣泛用於蛋白質相互作用組學研究的一種重要方法。其原理是當靶蛋白和誘餌蛋白特異結合後，誘餌蛋白結合於報道基因的啟動子，啟動報道基因在酵母細胞內的表達，如果檢測到報道基因的表達產物，則說明兩者之間有相互作用，反之則兩者之間沒有相互作用。將這種技術微量化、陣列化後則可用於大規模蛋白質之間相互作用的研究。在實際工作中，人們根據需要發展了單雜交系統、三雜交系統和反向雜交系統等。Angermayr等設計了一個SOS蛋白介導的雙雜交系統。可以研究膜蛋白的功能，豐富了酵母雙雜交系統的功能。此外，酵母雙雜交系統的作用也已擴展至對蛋白質的鑒定。

二、噬茵體展示技術
在編碼噬菌體外殼蛋白基因上連接一單克隆抗體的DNA序列，當噬菌體生長時，表面就表達出相應的單抗，再將噬菌體過柱，柱上若含目的蛋白，就會與相應抗體特異性結合，這被稱為噬菌體展示技術。此技術也主要用於研究蛋白質之間的相互作用，不僅有高通量及簡便的特點，還具有直接得到基因、高選擇性的篩選復雜混合物、在篩選過程中通過適當改變條件可以直接評價相互結合的特異性等優點。目前，用優化的噬菌體展示技術，已經展示了人和鼠的兩種特殊細胞系的cDNA文庫，並分離出了人上皮生長因子信號傳導途徑中的信號分子。
三、等離子共振技術
表面等離子共振技術(Surface Plasmon Resonance，SPR)已成為蛋白質相互作用研究中的新手段。它的原理是利用一種納米級的薄膜吸附上「誘餌蛋白」，當待測蛋白與誘餌蛋白結合後，薄膜的共振性質會發生改變，通過檢測便可知這兩種蛋白的結合情況。SPR技術的優點是不需標記物或染料，反應過程可實時監控。測定快速且安全，還可用於檢測蛋白一核酸及其它生物大分子之間的相互作用。
四、熒光能量轉移技術
熒光共振能量轉移（FRET ）廣泛用於研究分子間的距離及其相互作用; 與熒光顯微鏡結合，可定量獲取有關生物活體內蛋白質、脂類、DNA 和RNA 的時空信息。隨著綠色熒光蛋白（GFP）的發展，FRET 熒光顯微鏡有可能實時測量活體細胞內分子的動態性質。提出了一種定量測量FRET效率以及供體與受體間距離的簡單方法，僅需使用一組濾光片和測量一個比值，利用供體和受體的發射譜消除光譜間的串擾。該方法簡單快速，可實時定量測量FRET 的效率和供體與受體間的距離，尤其適用於基於GFP 的供體受體對。
五、抗體與蛋白質陣列技術
蛋白晶元技術的出現給蛋白質組學研究帶來新的思路。蛋白質組學研究中一個主要的內容就是研究在不同生理狀態下蛋白水平的量變，微型化，集成化，高通量化的抗體晶元就是一個非常好的研究工具，他也是晶元中發展最快的晶元，而且在技術上已經日益成熟。這些抗體晶元有的已經在向臨床應用上發展，比如腫瘤標志物抗體晶元等，還有很多已經應用再眼就的各個領域里。
六、免疫共沉澱技術
免疫共沉澱主要是用來研究蛋白質與蛋白質相互作用[/url]的一種技術，其基本原理是，在細胞裂解液中加入抗興趣蛋白的抗體，孵育後再加入與抗體特異結合的結合於Pansobin珠上的金黃色葡萄球菌蛋白A(SPA)，若細胞中有正與興趣蛋白結合的目的蛋白，就可以形成這樣一種復合物：「目的蛋白—興趣蛋白—抗興趣蛋白抗體—SPA\|Pansobin」，因為SPA\|Pansobin比較大，這樣復合物在離心時就被分離出來。經變性聚丙烯醯胺凝膠電泳，復合物四組分又被分開。然後經Western blotting法，用抗體檢測目的蛋白是什麼，是否為預測蛋白。這種方法得到的目的蛋白是在細胞內天然與興趣蛋白結合的，符合體內實際情況，得到的蛋白可信度高。但這種方法有兩個缺陷：一是兩種蛋白質的結合可能不是直接結合，而可能有第三者在中間起橋梁作用；二是必須在實驗前預測目的蛋白是什麼，以選擇最後檢測的抗體，所以，若預測不正確，實驗就得不到結果，方法本身具有冒險性。
七、pull-down技術
蛋白質相互作用的類型有牢固型相互作用和暫時型相互作用兩種。牢固型相互作用以多亞基蛋白復合體常見，最好通過免疫共沉澱（Co-IP） 、Pull-down技術或Far-western法研究。Pull-down技術用固相化的、已標記的餌蛋白或標簽蛋白（生物素-、PolyHis-或GST-），從細胞裂解液中釣出與之相互作用的蛋白。通過Pull-down技術可以確定已知的蛋白與釣出蛋白或已純化的相關蛋白間的相互作用關系，從體外傳路或翻譯體系中檢測出蛋白相互作用關系。