基因網路圖

⑴ 在基因預測的網站中

http://www.bioon.com/trends/news/353640.shtml
過去五十年裡，單個基因、蛋白質的研究構成了我們現在所認識的發育過程的基礎。但是，當前擴大的高通量篩選和積聚的基因表達，以及遍布的蛋白質相互作用資料庫，都似乎在暗示我們這種單個基因、蛋白質的研究不會走太遠了。現在，Kristin Gunsalus和同事給在早期發育中起作用的分子機器預測了系統模型，數據的來源主要有轉錄組（Transcriptome）、相互作用組（Interactome）和表型資料庫。

但究竟什麼樣的合適系統可以發展出這樣的預測性模型來，又該如何去客觀評價它們？線蟲為高通量研究鋪平了道路，因為在早期胚胎發育（embryogenesis）過程中，如細胞的分裂、極性形成，都可以為大范圍的功能分析提供依據。作者製作了一些網路圖，圖中的結點代表早期胚胎發育中起作用的基因和它的表達產物，之間的連線代表基因間潛在的功能聯系；這些聯結建立的基礎是3848個線蟲蛋白及其6572對相互關系，以及眾多的表達譜和表型相似度。

作者使用了一種演算法，在這個網路中發現了一個相互作用密集的區域。該區域由305個結點構成，並由1036個連線聯結而成（每個聯結都有兩至三個功能證據支持）。據此演算法，作者還建立了兩套模型，分析在早期胚胎發育中所起作用的高水平網路框架。第一套模型包含了由基因相互作用和表型相關性所支持的聯結，描繪了參與細胞內獨特分子機器（如核糖體，蛋白酶體/proteasome，促分裂後期復合物/anaphase promoting complex）生理功能的分子網路結構。另一套模型包含了較少的蛋白質相互作用，但其中起主導作用的是由表型和表達相關性共同支持的聯結；典型的例子是在mRNA和蛋白質代謝，染色體維持，減數分裂中起作用的基因。

為評價這些模型的預測價值有多高，作者選擇了十個之前科學家們尚未描述的基因，通過使用綠色熒光蛋白標記蛋白來觀察它們在體內動態的亞細胞定位，分析了它們在分子機器中潛在的功能參與。利用第二套模型，他們檢測了三個不同早期胚胎發育（中心體功能；DNA復制中的細胞極性和分子網路；染色質結構和核胞間運輸）所涉及的蛋白質。經過分析，他們預測了一些在這些分子機器中潛在作用的新基因。

⑵ 如何根據biogrid蛋白網路圖預測相互作用

蛋白質相互作用資料庫見下表所示： 資料庫名

BIND

DIP

IntAct

InterDom

MINT

STRING

HPRD

HPID

MPPI
蛋白質相互作用的預測方法很非常多，以下作了簡單的介紹

1) 系統發生譜

這個方法基於如下假定：功能相關的(functionally related)基因，在一組完全測序的基因組中預期同時存在或不存在，這種存在或不存在的模式(pattern)被稱作系統發育譜；如果兩個基因，它們的序列沒有同源性，但它們的系統發育譜一致或相似．可以推斷它們在功能上是相關的。

2

2) 基因鄰接

這個方法的依據是，在細菌基因組中，功能相關的基因緊密連鎖地存在於一個特定區域，構成一個操縱子，這種基因之間的鄰接關系，在物種演化過程種具有保守性，可以作為基因產物之間功能關系的指示。這個方法似乎只能適用於進化早期的結構簡單的微生物。所以在人的蛋白質相互作用預測時不採用這個方法。

3) 基因融合事件

這個方法基於如下假定：由於在物種演化過程中發生了基因融合事件，一個物種的兩個(或多個)相互作用的蛋白，在另一個物種中融合成為一條多肽鏈， 因而基因融合事件可以作為蛋白質功能相關或相互作用的指示。

4) 鏡像樹

這個方法的思想是，功能相關的蛋白質或同一個蛋白的域之間，受功能約束，其進化過程應該保持一致， 即呈現共進化(CO—evolution)特徵，通過構建和比較它們的系統發育樹，如果發現樹的拓撲結構顯示相似性，這種相似的樹被稱作鏡像樹，那麼，可以推測建樹基因的功能是相關的。

5) 突變關聯

物理上相互接觸的蛋白質， 比如處在同一個結構復合物中的蛋白質，其中一個蛋白質在進化過程中累計的殘基變化，通過在另一個蛋白質中發生相應的變化予以補償，這種現象被稱作關聯突變。

6)

序列信號關聯

3

通過檢查實驗上已經證實的相互作用蛋白質對，發現序列特徵信號

(sequence-signatures)在不同對的相互作用蛋白中重復地出現，這一現象被稱作序列信號關聯。利用序列域信號關聯作為相互作用蛋白質的識別指示，可以預測未知功能蛋白與已知蛋白的相互作用，減少直接實驗的搜索空間。

7) 保守的蛋白間相互作用

相互作用的蛋白質在物種演化過程中具有保守性，因此，可以通過在一個物種中建立的蛋白質相互作用網路，預測其它物種的蛋白質間相互作用。這是後基因組時代產生的一個分子進化概念，使人們聯想到直系同源基因（orthologs）和平行同源基因(paralogs)兩個概念。Walhout首先提出了」interologs」這個新概念,後由Matthews等利用酵母雙雜交法分析了1195個釀酒酵母相互作用蛋白在線蟲(C.elegans)中的保守性,獲得了

16%-31%線蟲保守相互作用蛋白，它們主要集中在核心代謝過程（core metabolic processes）並預期隨著親緣關系的遠近，保守性作相應變化。

8) 同源結構復合物

設想三維結構已知的蛋白質復合物，各自的同家族成員以同樣的方式發生相互作用.

9) 進化速率關聯

蛋白質的進化速率由這個蛋白質同其它蛋白質發生相互作用的數量決定，並呈負相關，即相互作用的數量越多進化速率越低，而不是通常設想的蛋白質的進化速率由這個蛋白質對機體的重要性決定，這是一個極重要的概念。Fraser等13Ol利用一組實驗上證實的酵母相互作用蛋白，量化分析了進化速率、適合度(fitness)和序列共進化(sequence CO—evolution)之間的關系；統計分析顯示，在酵母蛋白質相互作用網路中，連接點越多的蛋白質進化速率進化越低，可能的原因是，這些蛋白質需要與更多的相互作用伴體(partner)共進化。

10) 共鳴識別模型MRRM預測蛋白質相互作用

從蛋白質一級結構預測蛋白質相互作用，它假設生物分子(包括蛋白質和DNA)之間的相互作用是通過共鳴能量的傳遞來實現的，RRM恰當地引入了一些蛋白質的物理參數，並且運用了信號分析方法(Digital Signal Analysis，DSP)使得對於蛋白質和基因的分析脫離了局部性。

11) 通過Domain相互作用來預測蛋白質相互作用

Domain是蛋白質最小的功能單元，它們之間的相互作用一定程度上就決定了蛋白質之間的相互作用。按照這個方法將所有的氨基酸序列進行聚類，如果類與類之間的相互作用的序列對的個數超過了一定閾值，則表示與兩個類的代表序列同源的蛋白質之間都可能會發生相互作用。

12) 根據蛋白結構來預測蛋白相互作用

Lappe等人認為，雖然蛋白質之間的相互作用並不能直接用作預測，但是在結構上相似的蛋白質將有可能具有相似的功能，至少會給出一定的功能提示。分類的原則可按照SCOP給出的層次進行，分類方法是將已知序列的蛋白質相互作用對分別與SCOP的典型結構進行匹配，使之對應到每一個類中。預測已知與其他蛋白相互作用關系的蛋白的序列結構可以列出該蛋白結構組成的最大可能情況。

⑶ 高中生物知識網路圖

多看看課本，基礎知識打牢了 自己可以把知識溝通聯系起來 畫出來的圖財比較有意義吧。
轉來自網路文庫：
緒 論
1.生物體具有共同的物質基礎和結構基礎。
2. 從結構上說，除病毒以外，生物體都是由細胞構成的。細胞是生物體的結構和功能的基本單位。
3.新陳代謝是活細胞中全部的序的化學變化總稱，是生物體進行一切生命活動的基礎。
4.生物體具應激性，因而能適應周圍環境。
5.生物體都有生長、發育和生殖的現象。
6.生物遺傳和變異的特徵，使各物種既能基本上保持穩定，又能不斷地進化。
7.生物體都能適應一定的環境，也能影響環境。

第一章 生命的物質基礎
8.組成生物體的化學元素，在無機自然界都可以找到，沒有一種化學元素是生物界所特有的，這個事實說明生物界和非生物界具統一性。
9.組成生物體的化學元素，在生物體內和在無機自然界中的含量相差很大，這個事實說明生物界與非生物界還具有差異性。
10.各種生物體的一切生命活動，絕對不能離開水。
11.糖類是構成生物體的重要成分，是細胞的主要能源物質，是生物體進行生命活動的主要能源物質。
12.脂類包括脂肪、類脂和固醇等，這些物質普遍存在於生物體內。
13.蛋白質是細胞中重要的有機化合物，一切生命活動都離不開蛋白質。
14.核酸是一切生物的遺傳物質，對於生物體的遺傳變異和蛋白質的生物合成有極重要作用。
15.組成生物體的任何一種化合物都不能夠單獨地完成某一種生命活動，而只有按照一定的方式有機地組織起來，才能表現出細胞和生物體的生命現象。細胞就是這些物質最基本的結構形式。

第二章 生命的基本單位——細胞
16.活細胞中的各種代謝活動，都與細胞膜的結構和功能有密切關系。細胞膜具一定的流動性這一結構特點，具選擇透過性這一功能特性。
17.細胞壁對植物細胞有支持和保護作用。
18.細胞質基質是活細胞進行新陳代謝的主要場所，為新陳代謝的進行，提供所需要的物質和一定的環境條件。
19.線粒體是活細胞進行有氧呼吸的主要場所。
20.葉綠體是綠色植物葉肉細胞中進行光合作用的細胞器。
21.內質網與蛋白質、脂類和糖類的合成有關，也是蛋白質等的運輸通道。
22.核糖體是細胞內合成為蛋白質的場所。
23.細胞中的高爾基體與細胞分泌物的形成有關，主要是對蛋白質進行加工和轉運；植物細胞分裂時，高爾基體與細胞壁的形成有關。
24.染色質和染色體是細胞中同一種物質在不同時期的兩種形態。
25.細胞核是遺傳物質儲存和復制的場所，是細胞遺傳特性和細胞代謝活動的控制中心。
26.構成細胞的各部分結構並不是彼此孤立的，而是互相緊密聯系、協調一致的，一個細胞是一個有機的統一整體，細胞只有保持完整性，才能夠正常地完成各項生命活動。
27.細胞以分裂是方式進行增殖，細胞增殖是生物體生長、發育、繁殖和遺傳的基礎。
28.細胞有絲分裂的重要意義（特徵），是將親代細胞的染色體經過復制以後，精確地平均分配到兩個子細胞中去，因而在生物的親代和子代間保持了遺傳性狀的穩定性，對生物的遺傳具重要意義。
29.細胞分化是一種持久性的變化，它發生在生物體的整個生命進程中，但在胚胎時期達到最大限度。
30.高度分化的植物細胞仍然具有發育成完整植株的能力，也就是保持著細胞全能性。
第三章 生物的新陳代謝
31.新陳代謝是生物最基本的特徵，是生物與非生物的最本質的區別。
32.酶是活細胞產生的一類具有生物催化作用的有機物，其中絕大多數酶是蛋白質，少數酶是RNA. 33.酶的催化作用具有高效性和專一性；並且需要適宜的溫度和pH值等條件。
34.ATP是新陳代謝所需能量的直接來源。
35.光合作用是指綠色植物通過葉綠體，利用光能，把二氧化碳和水轉化成儲存能量的有機物，並且釋放出氧的過程。光合作用釋放的氧全部來自水。
36.滲透作用的產生必須具備兩個條件：一是具有一層半透膜，二是這層半透膜兩側的溶液具有濃度差。
37.植物根的成熟區表皮細胞吸收礦質元素和滲透吸水是兩個相對獨立的過程。
38.糖類、脂類和蛋白質之間是可以轉化的，並且是有條件的、互相制約著的。
39.高等多細胞動物的體細胞只有通過內環境，才能與外界環境進行物質交換。
40.正常機體在神經系統和體液的調節下，通過各個器官、系統的協調活動，共同維持內環境的相對穩定狀態，叫穩態。穩態是機體進行正常生命活動的必要條件。
41.對生物體來說，呼吸作用的生理意義表現在兩個方面：一是為生物體的生命活動提供能量，二是為體內其它化合物的合成提供原料。

第四章 生命活動的調節
42.向光性實驗發現：感受光刺激的部位在胚芽鞘尖端，而向光彎曲的部位在尖端下面的一段。
43.生長素對植物生長的影響往往具有兩重性。這與生長素的濃度高低和植物器官的種類等有關。一般來說，低濃度促進生長，高濃度抑制生長。
44.在沒有受粉的番茄（黃瓜、辣椒等）雌蕊柱頭上塗上一定濃度的生長素溶液可獲得無子果實。
45.植物的生長發育過程，不是受單一激素的調節，而是由多種激素相互協調、共同調節的。
46.下丘腦是機體調節內分泌活動的樞紐。
47.相關激素間具有協同作用和拮抗作用。
48.神經系統調節動物體各種活動的基本方式是反射。反射活動的結構基礎是反射弧。
49.神經元受到刺激後能夠產生興奮並傳導興奮；興奮在神經元與神經元之間是通過突觸來傳遞的，神經元之間興奮的傳遞只能是單方向的。
50.在中樞神經系統中，調節人和高等動物生理活動的高級中樞是大腦皮層。
51.動物建立後天性行為的主要方式是條件反射。
52.判斷和推理是動物後天性行為發展的最高級形式，是大腦皮層的功能活動，也是通過學習獲得的。
53.動物行為中，激素調節與神經調節是相互協調作用的，但神經調節仍處於主導的地位。
54.動物行為是在神經系統、內分泌系統和運動器官共同協調下形成的。

第五章 生物的生殖和發育
55.有性生殖產生的後代具雙親的遺傳特性，具有更大的生活能力和變異性，因此對生物的生存和進化具重要意義。
56.營養生殖能使後代保持親本的性狀。
57.減數分裂的結果是，新產生的生殖細胞中的染色體數目比原始的生殖細胞的減少了一半。
58.減數分裂過程中聯會的同源染色體彼此分開，說明染色體具一定的獨立性；同源的兩個染色體移向哪一極是隨機的，則不同對的染色體（非同源染色體）間可進行自由組合。
59.減數分裂過程中染色體數目的減半發生在減數第一次分裂中。
60.一個精原細胞經過減數分裂，形成四個精細胞，精細胞再經過復雜的變化形成精子。
61. 一個卵原細胞經過減數分裂，只形成一個卵細胞。
62. 對於進行有性生殖的生物來說，減數分裂和受精作用對於維持每種生物前後代體細胞中染色體數目的恆定，對於生物的遺傳和變異，都是十分重要的63. 對於進行有性生殖的生物來說，個體發育的起點是受精卵。
64. 很多雙子葉植物成熟種子中無胚乳，是因為在胚和胚乳發育的過程中胚乳被胚吸收，營養物質貯存在子葉里，供以後種子萌發時所需。
65. 植物花芽的形成標志著生殖生長的開始。
66.高等動物的個體發育，可以分為胚胎發育和胚後發育兩個階段。胚胎發育是指受精卵發育成為幼體。胚後發育是指幼體從卵膜孵化出來或從母體內生出來以後，發育成為性成熟的個體。

第六章 遺傳和變異
67.DNA是使R型細菌產生穩定的遺傳變化的物質，而噬菌體的各種性狀也是通過DNA傳遞給後代的，這兩個實驗證明了DNA 是遺傳物質。
68.現代科學研究證明，遺傳物質除DNA以外還有RNA.因為絕大多數生物的遺傳物質是DNA，所以說DNA是主要的遺傳物質。
69.鹼基對排列順序的千變萬化，構成了DNA分子的多樣性，而鹼基對的特定的排列順序，又構成了每一個DNA分子的特異性。這從分子水平說明了生物體具有多樣性和特異性的原因。
70.遺傳信息的傳遞是通過DNA分子的復制來完成的。
71.DNA分子獨特的雙螺旋結構為復制提供了精確的模板；通過鹼基互補配對，保證了復制能夠准確地進行。
72.子代與親代在性狀上相似，是由於子代獲得了親代復制的一份DNA的緣故。
73.基因是有遺傳效應的DNA片段，基因在染色體上呈直線排列，染色體是基因的載體。
74.基因的表達是通過DNA控制蛋白質的合成來實現的。
75.由於不同基因的脫氧核苷酸的排列順序（鹼基順序）不同，因此，不同的基因含有不同的遺傳信息。（即：基因的脫氧核苷酸的排列順序就代表遺傳信息）。
76.DNA分子的脫氧核苷酸的排列順序決定了信使RNA中核糖核苷酸的排列順序，信使RNA中核糖核苷酸的排列順序又決定了氨基酸的排列順序，氨基酸的排列順序最終決定了蛋白質的結構和功能的特異性，從而使生物體表現出各種遺傳特性。
77.生物的一切遺傳性狀都是受基因控制的。一些基因是通過控制酶的合成來控制代謝過程；基因控制性狀的另一種情況，是通過控制蛋白質分子的結構來直接影響性狀。
78.基因分離定律：具有一對相對性狀的兩個生物純本雜交時，子一代只表現出顯性性狀；子二代出現了性狀分離現象，並且顯性性狀與隱性性狀的數量比接近於3：1. 79.基因分離定律的實質是：在雜合子的細胞中，位於一對同源染色體，具有一定的獨立性，生物體在進行減數分裂形成配子時，等位基因會隨著的分開而分離，分別進入到兩個配子中，獨立地隨配子遺傳給後代。
80.基因型是性狀表現的內存因素，而表現型則是基因型的表現形式。
81.基因自由組合定律的實質是：位於非同源染色體上的非等位基因的分離或組合是互不幹擾的。在進行減數分裂形成配子的過程中，同源染色體上的等位基因彼此分離，同時非同源染色體上的非等位基因自由組合。
82.基因的連鎖和交換定律的實質是：在進行減數分裂形成配子時，位於同一條染色體上的不同基因，常常連在一起進入配子；在減數分裂形成四分體時，位於同源染色體上的等位基因有時會隨著非姐妹染色單體的交換而發生交換，因而產生了基因的重組。
83.生物的性別決定方式主要有兩種：一種是XY型，另一種是ZW型。
84.可遺傳的變異有三種來源：基因突變，基因重組，染色體變異。
85.基因突變在生物進化中具有重要意義。它是生物變異的根本來源，為生物進化提供了最初的原材料。
86.通過有性生殖過程實現的基因重組，為生物變異提供了極其豐富的來源。這是形成生物多樣性的重要原因之一，對於生物進化具有十分重要的意義。
第七章 生物的進化
87.生物進化的過程實質上就是種群基因頻率發生變化的過程。
88.以自然選擇學說為核心的現代生物進化理論，其基本觀點是：種群是生物進化的基本單位，生物進化的實質在於種群基因頻率的改變。突變和基因重組、自然選擇及隔離是物種形成過程的三個基本環節，通過它們的綜合作用，種群產生分化，最終導致新物種的形成。

第八章 生物與環境
89.光對植物的生理和分布起著決定性的作用。
90.生物的生存受到很多種生態因素的影響，這些生態因素共同構成了生物的生存環境。生物只有適應環境才能生存。
91.保護色、警戒色和擬態等，都是生物在進化過程中，通過長期的自然選擇而逐漸形成的適應性特徵。
92.適應的相對性是遺傳物質的穩定性與環境條件的變化相互作用的結果。
93.生物與環境之間是相互依賴、相互制約的，也是相互影響、相互作用的。生物與環境是一個不可分割的統一整體。
94.在一定區域內的生物，同種的個體形成種群，不同的種群形成群落。種群的各種特徵、種群數量的變化和生物群落的結構，都與環境中的各種生態因素有著密切的關系。
95.在各種類型的生態系統中，生活著各種類型的生物群落。在不同的生態系統中，生物的種類和群落的結構都有差別。但是，各種類型的生態系統在結構和功能上都是統一的整體。
96.生態系統中能量的源頭是陽光。生產者固定的太陽能的總量便是流經這個生態系統的總能量。這些能量是沿著食物鏈（網）逐級流動的。
97.對一個生態系統來說，抵抗力穩定性與恢復力穩定性之間往往存在著相反的關系。

⑷ 如何根據差異表達基因建立互作網路圖

基因互作是指非等位基因之間通過相互作用影響同一性狀表現的現象。廣義上，基因互作可分為基因內互作和基因間互作。基因內互作是指等位基因間的顯隱性作用。基因間互作是指不同位點非等位基因之間的相互作用，表現為互補，抑制，上位性等。
基因互作：雞冠的形狀很多，除常見的單冠外，還有胡桃冠、玫瑰冠和豌豆冠等
互補效應：子一代自交，子二代中應該9/16C_P_，3/16C_pp，3/16ccP_，1/16ccpp，由於顯性基因C與顯性基因P間的互補作用，只有9/16 C_P_在表型上是紅花，其餘的7/16都是白
積加作用：是指兩種顯性基因同時存在時產生一種性狀，單獨存在 時，分別表現相似的性狀。
例如，南瓜有不同的果形，圓球形對扁盤形為隱性，長圓形對圓球形為隱性。如果用兩種不同基因型的圓球形品種雜交，F1產生扁盤形， F2出現三種果形：9/16扁盤形，6/16圓球形，1/16長圓形花，在這里C與P是互補基因
重疊作用：是指不同對基因互作時，對表現型產生相同的影響，F2 產生15∶1的比例。這類表現相同作用的基因，稱為重疊基因。
例：將薺菜三角形蒴果與卵圓形蒴果植株雜交，F1全是三角形蒴果。 F2分離為 15/16三角形蒴果∶1/16卵形蒴果

⑸ 轉錄組共表達網路圖用什麼值，用k值可以嗎

基因表達譜分析所採用的常用方法是聚類,其目的就是將基因分組.從數學的角度,聚類得到的基回因分組答,一般是組內各成員在數學特徵上彼此相似,但與其它組中的成員不同.從生物學的角度,聚類分析方法所隱含的生物學意義或基本假設是,組內基因的表達譜相似,它們可能有相似的功能.然而,產物有相同功能的編碼基因（例如對其它蛋白質有磷酸化作用）,不一定共享相似的轉錄模式.相反,有不同功能的基因可能因為巧合或隨機擾動而有相似的表達譜.盡管有許多意外的情況存在,大量功能相關的基因的確在相關的一組條件下有非常相似的表達譜,特別是被共同的轉錄因子共調控的基因,或者產物構成同一個蛋白復合體,或者參與相同的調控路徑.因此,在具體的應用中,可以根據對相似表達譜的基因進行聚類,從而指派未知基因的功能.

⑹ 如何將NCBI中的基因數據轉化為網路圖啊

去查一個英國網站吧！！！

⑺ 如何把多個mirna與mrna網路圖合並在一起

miRNA基因復通常是在核內由制RNA聚合酶II(polII)轉錄的，最初產物為大的具有帽子結構(7MGpppG)和多聚腺苷酸尾巴(AAAAA)的pri-miRNA。
pri-miRNA在核酸酶Drosha和其輔助因子Pasha的作用下被處理成70個核苷酸組成的pre-miRNA。RAN–GTP和exportin 5將pre。

⑻ 100分求「第一個中國人基因組圖譜」

華大基因「炎黃一號」基因組圖譜登上國際頂級學術刊物《自然》雜志，於11月內6日作為封面故事刊登容出來。「基因密碼」將嚴格保密。

http://www.genomics.org.cn/research3.php?id=91
上面的頁面有里《Nature》全文下載鏈接：
文件名為20081119002005.pdf

⑼ cytoscape繪制網路圖，導入數據的要求有哪些

cytoscape可以處理多種格式的文本文件。你把你的數據轉成這些文件，然後就可以在cytoscape里打開了。

最簡單的是.sif格式（sif格式），格式是：
nodeA <interaction> nodeB
nodeC <interaction> nodeD
...

就是說文件分三列，第一列和第三列是相互作用的基因名，第二列是相互作用的名稱。.sif格式的好處是簡單，容易處理。不過它不能規定每個節點的位置、大小、形狀等。

另一種是xgmml格式，它是一種xml格式，可以規定節點和邊的許多信息，但也更復雜。我在網上查了很久都沒有查到xgmml格式的詳細信息，沒辦法只好隨便畫個網路，讓cytoscape導出成xgmml，然後一行一行看，花了一晚上搞明白了。於是寫了幾個python小函數來專門寫這種格式。代碼附在最後。

然後要畫網路的時候寫小腳本就行了：（假設這幾個小函數的文件名叫xgmml.py）
from xgmml import *
fid = open('test.xml', 'w')
addHead(fid, 'hehe')
addNode(fid, 'A', 'A')
addNode(fid, 'B', 'B')
addEdge(fid, 'A', 'B', 'A to B')
fid.write('</graph>\n')
fid.close()

代碼應該很好理解吧？導入包，打開文件，用addHead寫文件頭，addNode加結點，addEdge加邊，補一句文件結尾，然後關閉文件。

最後把test.xml在cytoscape里打開就行啦