基因表达网络

㈠ 如何利用基因表达谱数据重构网络

基因表达谱抄(gene expression profile)：指通过构建处于某一特定状态下的细胞或组织的非偏性cDNA文库，大规模cDNA测序,收集cDNA序列片段、定性、定量分析其mRNA群体组成，从而描绘该特定细胞或组织在特定状态下的基因表达种类和丰度信息，这样编制成的数据表就称为基因表达谱。最大的区别是：芯片上的探针都是固定已知的。只是用不同样本的RNA杂交然后比较差异的表达谱，芯片跟测序是两个概念，原理就是杂交。 DGE测序可以得到某一状态下的所有转录本的表达谱，比芯片覆盖的范围要大。

㈡ 什么叫做基因共表达网络

基因表达谱分析来所采用的常用方法自是聚类，其目的就是将基因分组。从数学的角度，聚类得到的基因分组，一般是组内各成员在数学特征上彼此相似，但与其它组中的成员不同。从生物学的角度，聚类分析方法所隐含的生物学意义或基本假设是，组内基因的表达谱相似，它们可能有相似的功能。然而，产物有相同功能的编码基因（例如对其它蛋白质有磷酸化作用），不一定共享相似的转录模式。相反，有不同功能的基因可能因为巧合或随机扰动而有相似的表达谱。尽管有许多意外的情况存在，大量功能相关的基因的确在相关的一组条件下有非常相似的表达谱，特别是被共同的转录因子共调控的基因，或者产物构成同一个蛋白复合体，或者参与相同的调控路径。因此，在具体的应用中，可以根据对相似表达谱的基因进行聚类，从而指派未知基因的功能。

㈢ 如何根据差异表达基因建立互作网络图

基因互作是指非等位基因之间通过相互作用影响同一性状表现的现象。广义上，基因互作可分为基因内互作和基因间互作。基因内互作是指等位基因间的显隐性作用。基因间互作是指不同位点非等位基因之间的相互作用，表现为互补，抑制，上位性等。
基因互作：鸡冠的形状很多，除常见的单冠外，还有胡桃冠、玫瑰冠和豌豆冠等
互补效应：子一代自交，子二代中应该9/16C_P_，3/16C_pp，3/16ccP_，1/16ccpp，由于显性基因C与显性基因P间的互补作用，只有9/16 C_P_在表型上是红花，其余的7/16都是白
积加作用：是指两种显性基因同时存在时产生一种性状，单独存在 时，分别表现相似的性状。
例如，南瓜有不同的果形，圆球形对扁盘形为隐性，长圆形对圆球形为隐性。如果用两种不同基因型的圆球形品种杂交，F1产生扁盘形， F2出现三种果形：9/16扁盘形，6/16圆球形，1/16长圆形花，在这里C与P是互补基因
重叠作用：是指不同对基因互作时，对表现型产生相同的影响，F2 产生15∶1的比例。这类表现相同作用的基因，称为重叠基因。
例：将荠菜三角形蒴果与卵圆形蒴果植株杂交，F1全是三角形蒴果。 F2分离为 15/16三角形蒴果∶1/16卵形蒴果

㈣ WGCNA权重基因共表达网络分析需要什么样的数据

WGCNA（Weighted Correlation Network analysis）是一个来基于基因表达自网络权重构建，描述基因表达的关联模式的R包。一般来说需要两个文件，多个样本的基因表达量（fpkm矩阵），可以根据表达量可以计算相关性，还有一个就是所谓的权重，简单的解释就是这些样本中的一些性状或者条件，比如重量、高度、应激条件等等，最后的分析相当于把基因表达与条件结合起来分析两者之间的关联性或相关性。

㈤ 用什么软件来分析基因表达数据，构建基因网络

找到的都是抑制的 不过是预测的 需要做Luciferase real-time western分别从不同水平验证

㈥ WGCNA权重基因共表达网络分析需要什么样的数据

一般是高通量的rna表达数据，大致分为芯片表达谱和测序数据。芯片一般是专affy和illumina的比较多；测属序的话现在hiqseq2000或者2500；构建网络需要表达置矩阵，然后经过scale free参数选择，构建一个赋权的网络。

㈦ 转录组共表达网络图用什么值，用k值可以吗

基因表达谱分析所采用的常用方法是聚类,其目的就是将基因分组.从数学的角度,聚类得到的基回因分组答,一般是组内各成员在数学特征上彼此相似,但与其它组中的成员不同.从生物学的角度,聚类分析方法所隐含的生物学意义或基本假设是,组内基因的表达谱相似,它们可能有相似的功能.然而,产物有相同功能的编码基因（例如对其它蛋白质有磷酸化作用）,不一定共享相似的转录模式.相反,有不同功能的基因可能因为巧合或随机扰动而有相似的表达谱.尽管有许多意外的情况存在,大量功能相关的基因的确在相关的一组条件下有非常相似的表达谱,特别是被共同的转录因子共调控的基因,或者产物构成同一个蛋白复合体,或者参与相同的调控路径.因此,在具体的应用中,可以根据对相似表达谱的基因进行聚类,从而指派未知基因的功能.

㈧ 怎样理解基因表达是一个完整复杂的网络调控过程

基因调控是现代分子生物学研究的中心课题之一。因为要了解动植物生长发育规律回。形态结构特答征及生物学功能，就必须搞清楚基因表达调控的时间和空间概念，掌握了基因调控机制，就等于掌握了一把揭示生物学奥秘的钥匙。基因表达调控主要表现在以下几个方面：①转录水平上的调控；②mRNA加工、成熟水平上的调控；③翻译水平上的调控；
基因表达调控的指挥系统有很多种，不同生物使用不同的信号来指挥基因调控。原核生物和真核生物之间存在着相当大差异。原核生物中，营养状况、环境因素对基因表达起着十分重要的作用；而真核生物尤其是高等真核生物中，激素水平、发育阶段等是基因表达调控的主要手段，营养和环境因素的影响则为次要因素。

㈨ 基因网络与蛋白质相互作用网络有什么区别

基因调控网络(gene regulatory network)，简称调控网络(regulatory network)是一个抽象概念，指细胞内（或特定一个基因组内）基因和基因之间的相互作用关系所形成的网络。在众多相互作用关系之中，又特指基于基因调控(gene regulation)所导致的基因间作用。

http://ke..com/view/2481360.htm

蛋白质相互作用网络是强调蛋白质间的互作，不包括基因的调控（一个基因的产物诱导另一个基因的表达）

㈩ 如何从原始数据构建cytoscape基因共表达网络

Cytoscape可以本地安装，也可以web start。软件得用java，所以要装JRE。我在Ubuntu下装了OpenJDK，可以运行。因版为以前一直没把jnlp文件和权java关联起来，所 以从没成功web start过，试了一下“课文”里给出的链接，似乎不太靠谱，总之是没法启动。

启动Cytoscape后，得下载两个样例文件。以sif为后缀名的是蛋白相互作用网络信息，里面的蛋白以数字形式区别，以na为后缀名的是各数字id的注释，似乎两者的文件名必须相同才能关联起来。