蛋白互作网络

A. 蛋白质相互作用生物网络的属性有哪些，这些属性都具有哪些作用

网络属性一般都抄是说他的袭拓扑属性吧，比如度，介数，最短路径这些。度就是这个节点与其他节点的连接数，连接数越多度越大，在生物网络中度越大的蛋白质一般都是由必须基因编码来的，一旦失调可能引起机体不可弥补的损伤，生物网络的度分布一般服从幂律分布。介数分为点结束和边的介数，都是在最短路径的基础上定义的，指的是通过该点或者该边的最短路径必上网络中所有最短路径之和，反应的是网络的瓶颈。最短路径就是指任意两个点之间通过最少多少步可以到达，生物网络一般3布左右就能链接任意两个节点，具有小世界特性。其他还有很多属性比如中心性啊，聚类系数啊，你自己再去搜搜吧，很多的，有一款软件叫cytoscape可以直接分析网络的这些拓扑属性。

B. 处理RNA-seq数据和蛋白质网络互作的数据（数据比较大几百MB甚至几GB十几GB）需要什么配置电脑,台式。

其实最好用小来型或者中型电脑会自比较合适。。。

或者你买服务器的那种。。有种FOR这种计算用的类似显卡的东西，插个8张。。现在好多公司都在用类似的电脑。。。不过具体名字叫什么忘了。。

不过如果要用GPU运算的话。。。程序本身就得是运用了CUDA或者相关GPU编程技术的软件才能。。。

一般用GPU计算能力比CPU（浮点）要强。。。最好再配个SSD。。。

不过。。这也只能是微机的最大极限。。。毕竟这种大量运算工作的。。最好用中型或者大型电脑。。

C. string怎样做蛋白互作网络分析

简单说就是用抗体去ip(免疫沉淀)你的蛋白，然后从沉淀中分理出dna拿去测序。这样就知道蛋白和哪一段dna作用了。 具体的，要看你做什么了，染色体结构，转路因子，还是rna，都可以。

D. 蛋白相互作用网络怎么画

蛋白质相互作用数据库见下表所示： 数据库名 BIND DIP IntAct InterDom MINT STRING HPRD HPID MPPI 蛋白质相互作用的预测方法很非专常多，以下作了属简单的介绍 1) 系统发生谱 这个方法基于如下假定：功能相关的(functionally related)基因，在一组。

E. 蛋白质相互作用网络特性怎样

蛋白质-蛋白质相互作用与识别机理的研究
http://www.bjpu.e.cn/college/bmec/chinese/school_research/lab/Protintactorreg_Ch.htm

蛋白质间相互作用 (PPI) 的研究领域快速成长，并且一般预料该市场至2010年前将会突破500亿美金的市场规模。
专门从事医药及生物科技领域内市场调查的美国市调公司 Drug & Market Development Publications（总公司: 麻州），详尽地调查与分析以蛋白质间相互作用为目标的药剂开发，并出版调查报告书“Protein-Protein Interactions as Drug Targets: Focusing on Cell Circuitry”。

此报告书在下面的内容里，不仅说明以蛋白质间相互作用为目标的药剂开发市场概要与展望，也探讨技术与应用方式、专家意见、企业档案等。

第1章 摘要
第2章 蛋白质间相互作用的概要
第3章 蛋白质间相互作用的细胞活动
癌细胞的蛋白质间相互作用
胰岛素通路的蛋白质间相互作用
第4章 PPI的目标：市场展望与分析
基于蛋白质间相互作用的治疗法的市场分化
PPI的目标：机会与课题
面对的课题
Peptides与Peptomimetic Molecules
当作PPI阻碍剂的Peptides例
PPI的主要例
胰岛素信号传导通路的蛋白质间相互作用
第5章 PPI阻碍药开发的科学馀力
Fragment Based Discovery Approach(FBDA)
Tethering的方法论
IL-2受器的竞争拮抗药
B7/CD28的竞争拮抗药
神经成长因素的异构基阻碍剂
第6章 PPI的研究技术
酵母Two-Hybrid法
有效率的蛋白质间相互作用的检测
酵母Two-Hybrid法的应用方式
PPI研究的生物情报学工具
PPI研究上所使用的系统
数据库与工具
针对PPI的网页导览
第7章 专家意见
第8章 企业档案
第9章 附录

http://www.giichinese.com.cn/chinese/dm26436_protein.html

F. 如何用cytoscape做蛋白互作网络步骤

就是一个txt文件就可以，一共三列，第一列和第三列是互作的点，回第二列是互作的方式，如果答只有一种互作方式可以不要第二列，如果想标出不同种类的点再导入点属性文件，两列，第一列是点，第二列是点的类别，一般用1,2,3表示，只想画图的话不需要插件，如果要做分析可以下相应的插件

G. 基因网络与蛋白质相互作用网络有什么区别

基因调控网络(gene regulatory network)，简称调控网络(regulatory network)是一个抽象概念，指细胞内（或特定一个基因组内）基因和基因之间的相互作用关系所形成的网络。在众多相互作用关系之中，又特指基于基因调控(gene regulation)所导致的基因间作用。

http://ke..com/view/2481360.htm

蛋白质相互作用网络是强调蛋白质间的互作，不包括基因的调控（一个基因的产物诱导另一个基因的表达）

H. 超过4000个基因如何做蛋白质相互作用网络

蛋白质是氨基酸脱水缩合的产物，DNA是氨基+五碳糖+高能磷酸键复合结构的聚合
DNA是遗传物质，蛋白质在生物体中起多种作用

I. 研究蛋白质之间相互作用的实验方法有哪些

白质与蛋白质之间相互作用构成了细胞生化反应网络的一个主要组成部分，蛋白-蛋白互作网络与转录调控网络对调控细胞及其信号有重要意义。把原来spaces空间上的一篇蛋白质与蛋白质间相互作用研究方法转来，算是实验技巧分类目录的首篇。

一、酵母双杂交系统
酵母双杂交系统是当前广泛用于蛋白质相互作用组学研究的一种重要方法。其原理是当靶蛋白和诱饵蛋白特异结合后，诱饵蛋白结合于报道基因的启动子，启动报道基因在酵母细胞内的表达，如果检测到报道基因的表达产物，则说明两者之间有相互作用，反之则两者之间没有相互作用。将这种技术微量化、阵列化后则可用于大规模蛋白质之间相互作用的研究。在实际工作中，人们根据需要发展了单杂交系统、三杂交系统和反向杂交系统等。Angermayr等设计了一个SOS蛋白介导的双杂交系统。可以研究膜蛋白的功能，丰富了酵母双杂交系统的功能。此外，酵母双杂交系统的作用也已扩展至对蛋白质的鉴定。

二、噬茵体展示技术
在编码噬菌体外壳蛋白基因上连接一单克隆抗体的DNA序列，当噬菌体生长时，表面就表达出相应的单抗，再将噬菌体过柱，柱上若含目的蛋白，就会与相应抗体特异性结合，这被称为噬菌体展示技术。此技术也主要用于研究蛋白质之间的相互作用，不仅有高通量及简便的特点，还具有直接得到基因、高选择性的筛选复杂混合物、在筛选过程中通过适当改变条件可以直接评价相互结合的特异性等优点。目前，用优化的噬菌体展示技术，已经展示了人和鼠的两种特殊细胞系的cDNA文库，并分离出了人上皮生长因子信号传导途径中的信号分子。
三、等离子共振技术
表面等离子共振技术(Surface Plasmon Resonance，SPR)已成为蛋白质相互作用研究中的新手段。它的原理是利用一种纳米级的薄膜吸附上“诱饵蛋白”，当待测蛋白与诱饵蛋白结合后，薄膜的共振性质会发生改变，通过检测便可知这两种蛋白的结合情况。SPR技术的优点是不需标记物或染料，反应过程可实时监控。测定快速且安全，还可用于检测蛋白一核酸及其它生物大分子之间的相互作用。
四、荧光能量转移技术
荧光共振能量转移（FRET ）广泛用于研究分子间的距离及其相互作用; 与荧光显微镜结合，可定量获取有关生物活体内蛋白质、脂类、DNA 和RNA 的时空信息。随着绿色荧光蛋白（GFP）的发展，FRET 荧光显微镜有可能实时测量活体细胞内分子的动态性质。提出了一种定量测量FRET效率以及供体与受体间距离的简单方法，仅需使用一组滤光片和测量一个比值，利用供体和受体的发射谱消除光谱间的串扰。该方法简单快速，可实时定量测量FRET 的效率和供体与受体间的距离，尤其适用于基于GFP 的供体受体对。
五、抗体与蛋白质阵列技术
蛋白芯片技术的出现给蛋白质组学研究带来新的思路。蛋白质组学研究中一个主要的内容就是研究在不同生理状态下蛋白水平的量变，微型化，集成化，高通量化的抗体芯片就是一个非常好的研究工具，他也是芯片中发展最快的芯片，而且在技术上已经日益成熟。这些抗体芯片有的已经在向临床应用上发展，比如肿瘤标志物抗体芯片等，还有很多已经应用再眼就的各个领域里。
六、免疫共沉淀技术
免疫共沉淀主要是用来研究蛋白质与蛋白质相互作用[/url]的一种技术，其基本原理是，在细胞裂解液中加入抗兴趣蛋白的抗体，孵育后再加入与抗体特异结合的结合于Pansobin珠上的金黄色葡萄球菌蛋白A(SPA)，若细胞中有正与兴趣蛋白结合的目的蛋白，就可以形成这样一种复合物：“目的蛋白—兴趣蛋白—抗兴趣蛋白抗体—SPA\|Pansobin”，因为SPA\|Pansobin比较大，这样复合物在离心时就被分离出来。经变性聚丙烯酰胺凝胶电泳，复合物四组分又被分开。然后经Western blotting法，用抗体检测目的蛋白是什么，是否为预测蛋白。这种方法得到的目的蛋白是在细胞内天然与兴趣蛋白结合的，符合体内实际情况，得到的蛋白可信度高。但这种方法有两个缺陷：一是两种蛋白质的结合可能不是直接结合，而可能有第三者在中间起桥梁作用；二是必须在实验前预测目的蛋白是什么，以选择最后检测的抗体，所以，若预测不正确，实验就得不到结果，方法本身具有冒险性。
七、pull-down技术
蛋白质相互作用的类型有牢固型相互作用和暂时型相互作用两种。牢固型相互作用以多亚基蛋白复合体常见，最好通过免疫共沉淀（Co-IP） 、Pull-down技术或Far-western法研究。Pull-down技术用固相化的、已标记的饵蛋白或标签蛋白（生物素-、PolyHis-或GST-），从细胞裂解液中钓出与之相互作用的蛋白。通过Pull-down技术可以确定已知的蛋白与钓出蛋白或已纯化的相关蛋白间的相互作用关系，从体外传路或翻译体系中检测出蛋白相互作用关系。